"Goioxim" é um termo originário da língua caingangue que significa "água pequena", através da junção dos termos ngoi("água") e xim ("pequeno")
Por força da Lei Estadual n.º 2.226, de 9 de abril de 1923, foi criado o Distrito Judiciário de Lagoa Seca, no território municipal de Guarapuava, região a que pertencia na época. De acordo com o Decreto-Lei n.º 124, de 21 de janeiro de1934, foi alterada a denominação da localidade de Lagoa Seca para Juquiá.
Conforme o Decreto-Lei n.º 199, de 30 de dezembro de 1943, foi mudada a denominação de Juquiá para Goioxim. Goioxim elevou-se à categoria de município por ser desmembrado de Cantagalo, em 30 de outubro de 1995, por meio da Lei Estadual n.º 11.183, sob sanção do governador Jaime Lerner. Foi instalado em 1º de janeiro de 1997.
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